Wśród dzieł instrumentalnych Bacha najważniejsze miejsce zajmuje muzyka organowa, być może dlatego, że styl tej muzyki oddaje najwierniej jego styl indywidualny, a jednocześnie stanowi jakby podsumowanie wielkiej tradycji muzyki polifonicznej. Nie wszystkie dzieła organowe są autentyczne; po kantoratach krążyły w odpisach i przeróbkach liczne utwory organowe przypisywane Bachowi. Trudne do ustalenia są daty powstania wielu pojedynczych utworów organowych. Do najważniejszych i niewątpliwie autentycznych dzieł należą Sonaty organowe ( Triosonaten; w istocie rzeczy przeznaczone nie na organy, lecz na clavicembali z dwoma manuałami i pedałem, stąd ich nazwa), preludia, fugi, fantazje, toccaty i tria. Tu też należy Passacaglia c-moll, złożona z 20 części, zbudowana na formule ostinata, dzieło wariacyjne, zakończone fugą, oraz archaicznie modelowane fugi organowe, o bogatej figuracji, niekiedy wprost idealnie wirtuozowskie.
Kompozycje oparte na chorale protestanckim (Cho-ralbearbeitungen) posługują się chorałem różnie: bądź jako tematem wariacji (w Partitach — zachowało się ich cztery), bądź jako podstawą preludiów chorałowych (Choral– Vorspiele) o bogatej kontrapunktyce i szerokiej skali emocjonalnej, bądź jako podstawą wariacji kanonicznych (słynne wariacje Vom Himmel hoch). Z form swobodnych na plan pierwszy wybijają się toccaty, pierwotnie pomyślane jako utwory, na podstawie których można było wypróbowywać nowe organy lub uświetnić ich poświecenie.
